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Die Galaxis wird bedroht. Separatisten kämpfen mit der Unterstützung der dunklen Sith Lords gegen die Galaktische Republik und wollen die Bevölkerung unterdrücken. Der Konflikt zwischen der sogenannten Konföderation unabhängiger Systeme und den Jedi-Rittern, die gemeinsam mit den Klon-Kriegern kämpfen, weitet sich schnell in alle Teile der Republik aus. Unter der Führung des Meisters Yoda müssen die Kämpfer beweisen, dass sie zusammenhalten können. Dazu zählen: Anakin Skywalker, der eine Ausbildung unter dem Meister Obi-Wan Kenobi genoss, Obi-Wan-Kenobi, der mit der Hitzköpfigkeit seines Schülers oftmals nicht zurechtkommt, Ahsoka Tano, eine 14-jährige Jedischülerin sowie Mace Windu und viele weitere Jedis.
